W większości wypadków choroba ma przebieg ostry: objawy pojawiają się szybko, a pogorszenie stanu zdrowia następuje gwałtownie. Jeśli leczenie nie zostanie rozpoczęte po pojawieniu się pierwszych symptomów w organizmie psa dochodzi do nieodwracalnych zmian. Nieleczona choroba prowadzi do śmierci zwierzęcia.
 Początkowym objawem choroby jest apatia, narastająca gorączka, brak apetytu.

Babeszjoza – objawy

W miarę postępu choroby pojawia się ciemniejsze zabarwienie moczu ewentualnie zażółcenie błon śluzowych. W najbardziej zaawansowanych przypadkach zwierzę całkowicie przestaje oddawać mocz, wymiotuje, ma biegunkę, pojawiają się zaburzenia świadomości, a w konsekwencji śmierć. Od wystąpienia pierwszych objawów choroby do jego śmierci niekiedy upływa zaledwie kilka godzin lub kilka dni. Ponieważ w przebiegu babeszjozy dochodzi do gwałtownego rozpadu krwinek ilość hemoglobiny (barwnika z krwinek), która trafia do nerek jest bardzo duża. Prowadzi to do zatykania się kanalików nerkowych i w konsekwencji do niewydolności nerek. Na skutek upośledzonej pracy nerek zaburzona zostaje homeostaza organizmu (stan równowagi). Pojawiają się zaburzenia elektrolitowe oraz rosną stężenia kreatyniny i mocznika we krwi obwodowej. Z tego powodu pies zaczyna wymiotować, ma biegunkę, a w najbardziej zaawansowanych przypadkach występują zaburzenia świadomości. Jest to ostatni moment na podjęcie leczenia. Rokowanie w tych najbardziej zaawansowanych przypadkach jest ostrożne lub złe. Mimo intensywnej terapii może dojść do śmierci zwierzęcia. 
Chorobę rozpoznaje się na podstawie wyników badania klinicznego oraz stwierdzenia obecności pierwotniaków w czerwonych krwinkach.

Babeszjoza. Jak leczyć?

W leczeniu babeszjozy ważne jest równoczesne prowadzenie zarówno leczenia przyczynowego jak i wspomagającego. Leczeniem przyczynowym jest zastosowanie leków pierwotniakobójczych. Leczeniem wspomagającym będą m.in. kroplówki i leki moczopędne, dzięki którym ilość płynu filtrowanego przez nerki jest większa, a tym samym ryzyko zatkania kanalików i niewydolności nerek maleje. Najczęstszą przyczyną śmierci psów z babeszjozą jest niewydolność nerek. Inną, rzadziej występującą, ale równie dramatyczną, jest rozwój autoagresywnej niedokrwistości hemolitycznej. Jej przyczyną jest „uczulenie” układu odpornościowego na własne czerwone krwinki. Niestety nie ma na rynku efektywnych szczepień przeciwko babeszjozie a po przechorowaniu nie dochodzi do wykształcenia odporności. Pies nadal jest wrażliwy na zarażenie pierwotniakiem. Kolejne epizody choroby mają zazwyczaj cięższy przebieg, a ryzyko wystąpienia autoagresywnej niedokrwistości hemolitycznej rośnie.